Der Mangel an Vielfalt in einem Monokultursystem beseitigt alle Ökosystemfunktionen, die die Natur den Pflanzen und dem Boden bietet. Wenn jedes Jahr dieselbe Pflanzenart an derselben Stelle gepflanzt wird, werden die Nährstoffe aus der Erde entfernt und die Bodenqualität geschwächt, sodass der Boden kein gesundes Pflanzenwachstum mehr unterstützt. 

Weil sich die Bodenstruktur und -qualität derart verschlechtern, müssen die Landwirte chemische Düngemittel verwenden, um das Pflanzenwachstum und die Fruchtproduktion zu fördern. Diese Düngemittel stören wiederum die natürliche Beschaffenheit des Bodens und tragen weiter zur Nährstoffverarmung bei. Monokulturen verursachen auch die Ausbreitung von Schädlingen und Krankheiten, die mit noch mehr Chemikalien behandelt werden müssen. Die Auswirkungen von Monokulturen auf die Umwelt sind schwerwiegend, wenn Pestizide und Düngemittel in das Grundwasser oder in die Luft gelangen und Umweltverschmutzung verursachen. 

Da keine Bodendeckerpflanzen zur Verbesserung der Feuchtigkeitsspeicherung im Boden beitragen und in Monokultur bepflanztes Land die Tendenz aufweist, keinen Mutterboden zu bilden, welcher als Regenwasserspeicher agiert, benötigt die moderne Monokultur-Landwirtschaft große Mengen an Wasser, um die Pflanzen zu bewässern.